香港航空在疫情衝擊下，於2020年6月至8月、9月至11月時，獲得香港政府提供的兩輪「保就業」員工工資補貼，金額共計達約1.5億港幣，但傳出前香港航空員工日前指控，該航空向政府提報的受僱人數與實際有出入，對此香港航空也證實人數疏失。
港媒《南華早報》引述被裁員工團體指稱，香港航空申請第二輪補助時提報的員工數和第一輪雷同，但在第二輪補助期間已有更多員工遭放無薪假而失去獲補助資格，因此質疑香港航空違規接受補助。在11月補助期間後，香港航空也隨後精簡250名員工。
雖然香港航空表示並未挪用補助金，表示「所有款項」都是用以補貼員工薪資，但承認由於第二輪補助向政府提報的名額出入，已經受到政府「處罰」。依照港府的補助規定，受補助的業者須接受不能裁員的條件，並最多按每名員工薪資50%領取補助。
