南非雖已開放邊境，但當局對於新的入境政策和可以例外的情況並未清楚說明，使得航空公司相當頭大，畢竟相關隔離規範影響不只旅客，還有定期採檢的機組人員。阿聯酋航空就傳在10月4日，因當地簽證政策而取消大部分的南非航班。
阿聯酋航空之後雖然宣布恢復南非航班，營運開普敦、約翰尼斯堡、德本航線，且機組人員應不會被南非當局要求繳交陰性檢測結果，但若無檢測結果，將被要求在旅館房間自主隔離。此政策尚未獲官方正式傳達。
亦有消息指出，德國漢莎航空一架10月2日飛抵南非機場的班機，也因被認定未符合簽證要求而遭拒絕進入。部分報導認為，漢莎等其他國際航空業者可能因此卻步南非航線。
